Se puede obtener un thread dump de jboss o tomcat en linea de comandos mandando una señal con kill al proceso. De la siguiente manera:
kill -3 <PID>
Y en el log del jboss o tomcat saldra el thread-dump.
Otra manera es usar herramientas que proporciona la JDK como jstack:
jstack <PID>
Muy util si hay un problema de CPU y es imposible poder entrar por el jmx-console.
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