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Si se desea hacer debugging de código Java invocado desde Jython, basta con arrancar el interprete de jython pasandole las opciones habituales para la jvm para debug, gracias al flag -J de jython:

$ jython -J"-Xrunjdwp:transport=dt_socket,address=8787,server=y,suspend=y" amazingjythonscript.py

Tras esto, podremos conectarnos con nuestro debugger java favorito al puerto 8787.