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Se puede hacer borrando lo que ya no esta :

rsync -avz --delete -e ssh /mnt/nfs/cluster/ root@$hostremote:/mnt/nfs/cluster/

O solo sincronizando lo nuevo pero sin eliminar lo que ya no esta :

rsync -avz -e ssh /mnt/nfs/cluster/ root@$hostremote:/mnt/nfs/cluster/