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Cuando da ese error en Fedora al compilar proyectos grandes con Netbeans y subir la memoria en el Xmx y el Xms en el <netbeans-home>/etc/netbeans.conf en la propiedad “netbeans_default_options” no funciona.

Otra cosa que se puede cambiar es a nivel de sistema operativo y es añadir o modificar esto en el fichero “/etc/security/limits.conf”:

# Para que el netbeans no de el error de demasiados ficheros abiertos
*        soft        nofile       4096
*        hard        nofile       4096