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Para modificar ficheros de un archivo iso primero hay que montar el iso:

mount -t is09660 -ro loop imagen.iso /mnt/cd

y copiar su contenido.

(O se puede descomprimir el iso en una carpeta)

Despues hay que copiar lo que queramos modificar.

Y por último crear un nuevo iso:

mkisofs -joliet-long -o nuevo.iso -R -J carpeta