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-Se puede usar GhostScript (gs):

gs -dNOPAUSE -sDEVICE=pdfwrite -sOUTPUTFILE=archivofinal.pdf -dBATCH 1.pdf 2.pdf 3.pdf

-Tambien hay otro programa llamado “pdftk”:

pdftk entrada1.pdf entrada2.pdf cat output salida.pdf