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Instalando el módulo de apache mod_auth_mysql, no podía autentificarme vía HTTP y mirando en el log /var/log/message me salía
May 10 00:39:53 server kernel: audit(1178725193.534:53): avc: denied { name_connect } for pid=4178 comm=”httpd” dest=3306 scontext=user_u:system_r:httpd_t:s0 tcontext=system_u:object_r:mysqld_port_t:s0 tclass=tcp_socket

El SELinux no permite por defecto en Fedora 7 Core que el servicio de Apache haga una invocación remota por l oque hay que poner:

setsebool -P httpd_can_network_connect_db on

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