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Hay 2 formas de hacerlo:

1) Método 1: Metiendo en la entrada directamente las sentencias SQL del fichero (http://www.modwest.com/help/kb6-241.html)

mysql -p -h DBSERVER dbname < dbname.sql

2) Con la sentencia mysqlimport (http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/mysqlimport.html)

mysqlimport [options] db_name textfile1 [textfile2 …]

Para hacer un dumpeo de la BD, se hace a través de mysqldump: No hacer copia directa de directorios y menos con la BD levantada puesto que puede generar incongruencias de datos (http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/mysqldump.html).

shell> mysqldump [options] db_name [tables]

shell> mysqldump [options] –databases db_name1 [db_name2 db_name3…]

shell> mysqldump [options] –all-databases